Hijrah menandai awal era Muslim, karena pada titik inilah Nabi Muhammad SAW mampu menerapkan gagasan Qur’ani  secara maksimal, dan meletakkan Islam menjadi faktor penting dalam  sejarah manusia. Ini adalah sebuah langkah revolusioner.

Hijrah bukanlah sekadar perubahan alamat. Menurut Karen Armstrong dalam Islam; Sejarah Singkat ,di Jazirah Arab sebelum Islam, suku adalah nilai suci. Meninggalkan kelompok darah sendiri dan bergabung dengan suatu kelompok darah orang lain adalah suatu hal yang belum pernah terdengar. Hal ini dianggapnya menghina nenek-moyang sendiri dan kaum Quraisy tidak bisa memaafkan kesalahan ini.  Maka kaum Quraisy bersumpah untuk memusnahkan ummah (Islam) di Yatsrib.

Tarekat ini dimasyhurkan oleh Muhammad bin Muhammad Bahauddin Al-Uwaisi al Bukhari Naqsyabandi Q.S. (Mursyid yang berada pada silsilah ke-15 dalam Tarekat Naqsyabandiyah).  Pada sumber lain nama beliau ditulis Muhammad ibn Muhammad ibn Muhammad Al-Husayni Al-Uwaysi Al-Bukhari sementara ada pula yang menyebutnya dengan nama Bahauddin Shah Naqsyabandi.  Beliau lahir di Qashrul ‘Arifan, sebuah desa di kawasan Bukhara, Asia Tengah (Uzbekistan), pada Muharram tahun 717 H, atau tahun 1318 Masehi. Nasabnya bersambung kepada Rasulullah SAW melalui Sayyidina Al-Husain RA.

Tarekat ini berhulu pada diri Nabi Muhammad SAW yang kemudian mengalir kepada Sayyidina Abu Bakar as-Siddiq R.A, sahabat kesayangan Nabi Muhammad SAW dan khalifahnya yang pertama, yang telah menerima ilmu istimewa seperti diterangkan Nabi Muhammad SAW sendiri, "Tidak ada sesuatu pun yang dicurahkan Allah ke dalam dadaku, melainkan aku mencurahkan kembali ke dalam dada Abu Bakar"