Di bawah kepemimpinan Sayyidi Syaikh Prof. Dr. H. Kadirun Yahya penyebaran Naqsyabandiyah Khalidiah begitu luas di Indonesia dan Malaysia, bahkan murid-muridnya ada yang berasal dari Amerika. Maka, untuk memudahkan pengorganisasian, terkait aktivitas sosial-kemasyarakatan, dibuatlah wadah yayasan yang diberi nama Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya. Sedangkan ajaran tarekat yang dikembangkannya, dipopulerkan oleh murid-muridnya sebagai Tarekat Naqsyabandiyah Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya.

Syaikh Kadirun Yahya dilahirkan pada 20 Juni 1917 di Pangkalan Berandan – Sumatera Utara. dari keluarga Islamis religius. Kedua nenek beliau dari pihak ayah maupun ibu adalah syaikh-syaikh tarekat, yaitu Syaikh Yahya dan Syaikh Abdul Manan.

Pada 31 Oktober 1947, Syaikh Kadirun Yahya menikah dengan Hj. Siti Habibah. Setelah menikah, Syaikh Kadirun Yahya tinggal di rumah mertua beliau  di Bukit Tinggi, Sumatera Barat.

Keadaan negara saat itu baru dua tahun merdeka, masih berada dalam situasi dan kondisi yang sangat rawan, yaitu masa-masa perang kemerdekaan. Semua anggota masyarakat bergabung dengan Tentara Rakyat Indoneia (TRI), demikian pula Syaikh Kadirun Yahya, bahkan kemudian beliau sangat populer dengan sapaan ’Pak Mayor’.

Selain sebagai perwira, Syaikh Kadirun Yahya juga menekuni profesi sebagai guru Sekolah Pertanian Menengah Atas (SPMA) di Bukit Tinggi, berdomisili  di Aur Tajungkang No. 41. Setelah diwakafkan kepada organisasi Muhammadiyah, sekarang di lokasi ini berdiri sebuah masjid.

Syaikh Kadirun Yahya sendiri masuk tarekat secara unik kepada Sayyidi Syaikh Muhammad Hasyim di rumah Zianuddin Sahih (khalifah beliau yang juga sahabat Syaikh Kadirun Yahya),  di Bukit Tinggi sekitar akhir 1947. Di rumah itu beliau langsung diizinkan mengikuti tawajjuh yang dipimpin Syaikh Muhammad Hasyim, meskipun beliau belum masuk tarekat. Namun begitu, sebelum di Bukit Tinggi, Syaikh Kadirun Yahya pernah mencicipi tarekat di Sayur Matinggi, Tapanuli Selatan, yaitu melalui seorang khalifah dari Syaikh Syahbuddin, Aek Libung.

Memang banyak keistimewaan yang melekat pada diri Syaikh Kadirun Yahya. Misalnya, hanya dengan satu kali suluk (i’tikaf) saja, beliau telah diangkat oleh Syaikh Muhammad Hasyim sebagai khalifah beliau. Demikian pula pada saat Syaikh Kadirun Yahya berada di pedalaman – akibat pergolakan militer yang terjadi di Indonesia termasuk di Sumatera Barat – beliau bersuluk di tempat Syaikh Abdul Madjid, Tanjung Alam. Di tempat ini beliau bahkan serta merta diangkat sebagai ‘Syaikh’  (antara 1948 – 1949), dan diminta oleh Syaikh Abdul Madjid (setelah suluk berlangsung tiga hari), agar Syaikh Kadirun Yahya menyulukkan beliau juga. “Kita sekarang saling mengiktikafkan.” Kata Syaikh Abdul Madjid kepada Syaikh Kadirun Yahya kala itu.

Sekembalinya ke Bukit Tinggi dari Guguk Salo, Tanjung Alam, Syaikh Kadirun Yahya sangat intensif mengamalkan dzikrullah di bawah bimbingan Syaikh Muhammad Hasyim. Pada masa-masa inilah kehidupan Syaikh Kadirun Yahya dapat dikatakan 100% diisi dengan urusan kerohanian walaupun secara formal berprofesi sebagai guru SPMA. Pada masa-masa ini Syaikh Kadirun Yahya sering terkenang saat-saat beliau ‘berbulan madu dengan dzikrullah’, bersunyi diri di tengah sawah yang begitu sunyi, sepi dan hening, sehingga sangat kondusif menjalankan dzikrullah. Masa indah itu berlangsung lebih-kurang 8 (delapan) bulan di tempat yang disebut Garegeh. Pada bulan Ramadhan 1952, Syaikh Kadirun Yahya diangkat sebagai ‘Syaikh’ oleh Syaikh Muhammad Hasyim.

Syaikh Kadirun Yahya tinggal di Bukit Tinggi hingga 1954. Namun pada 1953 masih sempat memimpin suluk perdana dengan peserta 10 orang murid beliau. Kepada calon murid-muridnya kala itu, beliau mensyaratkan bahwa untuk masuk tarekat, calon murid harus ikut shalat Isya’ dulu kurang lebih selama 3 bulan.  Sampai sekarang syarat ini tidak pernah secara tegas dicabut sebagai ketentuan prosedur masuk Tarekat Naqsyabandiyah.
Dari Bukit Tinggi Syaikh Kadirun Yahya pindah ke Padang (1954 – awal 1955), kemudian pada 1955 (sekitar bulan Maret) beliau pindah ke Medan dan tinggal di Jl. Mahkamah (di tempat ini sempat pula diadakan suluk), dan pada 17 Agustus 1955 beliau pindah ke tempat yang sekarang dikenal sebagai Kampus Universitas Pembangunan Panca Budi, Medan. Jumlah murid-murid  Syaikh Kadirun Yahya terus bertambah, bersamaan dengan itu tumbuh tempat-tempat rumah ibadah dan ubudiyah yang populer disebut ‘surau’.

Guru Para Cerdik Pandai

Latar belakang Sayyidi Syaikh Prof. Dr. H. Kadirun Yahya, yang ilmuwan Fisika – Kimia, menguasai Bahasa Inggris, Jerman dan Belanda, serta menekuni Ilmu Filsafat Kerohanian dan Metafisika Islam khususnya Tasawuf dan Tarekat, telah mewarnai syiar perkembangan Tarekat Naqsyabandiyah di masanya.

“Sewaktu manusia masih sederhana pemikirannya, agama tak mungkin diterangkan secara ilmiah yang sempurna. Walaupun sebenarnya Islam sebagai agama yang ilmiah dan amaliah. Oleh karena itu, sebagian besar agama diajarkan secara dogmatis dan kepercayaan semata-mata. Hanya sebagian kecil saja agama diajarkan secara ilmiah popular. Dengan meningkatnya ilmu pengetahuan, semakin nyata bahwa Islam adalah agama yang sangat ilmiah,” demikian fatwa Prof. Dr. H. Kadirun Yahya.

Beliau melihat kekuatan agama sebagai sesuatu yang nyata, fakta dan realita. Kekuatan ayat-ayat suci Al-Qur’an adalah ilmu yang riil yang bisa dibuktikan seperti hukum-hukum fisika, kimia dan sebagainya. Hanya martabat dan dimensinya jauh lebih tinggi, mutlak dan sempurna.

Untuk itu, Prof. Dr.H.  Kadirun Yahya pada tanggal 27 November 1956 di Medan mendirikan Akademi Metafisika di bawah ‘Yayasan Akademi Metafisika’. Tujuan dari Yayasan ini adalah: 1). Mengembangkan pendidikan dan pengajaran secara modern, baik pendidikan umum maupun pendidikan Agama Islam dari tingkat terendah sampai perguruan tinggi yang bersifat akademis maupun universitas; 2). Mengembangkan ajaran Agama Islam berdasarkan Al Qur’an, Al Hadist dan Tasawuf Islam; 3). Terbinanya insan yang berpengetahuan tinggi baik duniawi maupun akhirati dalam suasana lingkungan yang sehat dan lestari.

Pada 1980 ‘Yayasan Akademi Metafisika’ diubah namanya menjadi ‘Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya’, dengan karya-karyanya, yaitu mendirikan rumah ibadah (surau-surau) untuk mengamalkan dzikrullah/melaksanakan latihan mental spiritual (i’tikaf/suluk). Saat ini sudah berdiri 700-an surau/tempat wirid di Indonesia, 15 (lima belas) di Malaysia, dan 1 (satu) di Amerika Serikat.

Untuk membentuk hubungan antar surau di tingkat pusat dibentuk Badan Koordinasi Kesurauan (BKK), sedang tingkat propinsi dibentuk Badan Kerjasama Surau (BKS). Selanjutnya Badan Koordinasi Kesurauan (BKK) membentuk suatu badan yang disebut Pusat Kajian Tasawuf, untuk mengangkat Ilmu Metafisika ke permukaan, khususnya Tasawuf dan Tarekat dengan mengadakan seminar, ceramah, dialog dan sebagainya.

Semasa hidupnya, Prof. Dr, H. Kadirun Yahya selalu tampil sebagai pemakalah seminar-seminar nasional dan internasional yang mengedepankan tema seputar Teknologi Al -Qur’an dalam Tasawuf Islam. Tercatat ada 15 kali seminar nasional dan 2 kali seminar internasional yang melibatkan beliau sebagai narasumber.

Tentu saja setelah beliau berpulang para asistennya melanjutkan pekerjaan ini dengan secara berkala mengadakan seminar-seminar tentang Tasawuf Islam seperti yang diadakan di Jakarta pada Oktober 2001 dengan topik “Peran Tasawuf Islam Dalam membentuk Insan Kamil dan Mewujudkan Masyarakat Cinta Damai.” Selanjutnya, di Yogyakarta pada 13 Juli 2002 dilaksanakan seminar dengan topik: “Potensi Tasawuf Dalam Meningkatkan Ketahanan Bangsa di Era Krisis Multidimensional.”

Semua karya-karya beliau menegaskan apa yang telah dituliskan oleh Guru-Guru beliau dalam ijazah kemursyidan, bahwa beliau adalah ‘Guru para cerdik pandai’. Kemursyidan Tarekat Naqsyabandiyah Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya diteruskan oleh putra pertamanya, Sayyidi Syaikh Drs. H. Iskandar Zulkarnaen, SH. MH.